Kedua-dua protein dan struktur sekunder asid nukleik boleh digunakan untuk membantu dalam penjajaran jujukan berbilang. Penjajaran ini boleh dibuat lebih tepat dengan memasukkan maklumat struktur sekunder sebagai tambahan kepada maklumat jujukan mudah. Ini kadangkala kurang berguna dalam RNA kerana pasangan asas adalah lebih terpelihara daripada jujukan. Hubungan jauh antara protein dengan struktur primer yang tidak sejajar kadangkala boleh ditemui oleh struktur sekunder.[10]

Telah ditunjukkan bahawa α-heliks adalah lebih stabil dan kalis mutasi dan mudah direka bentuk daripada β-helai dalam protein semula jadi,[13] dan dengan itu, mereka bentuk protein alfa keseluruhan yang berfungsi mungkin lebih mudah daripada mereka bentuk protein dengan kedua-dua heliks dan helaian; ini telah disahkan secara eksperimen baru-baru ini.[14]